
سازمان بنادر و کشتیرانی، یکی از سازمانهای دولتی است که به امور بندرها و دریانوردی میپردازد. اعمال حاکمیت دولت در سواحل و بنادر، به منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم در جهت گسترش امور تجارت دریائى و ارتباطات ساحلى، و همچنین وصول حقوق و عوارض متداول، درمجموع قسمتى از وظایف سازمان بنادر وکشتیرانى را تشکیل میدهد که سابقهی تنظیم تاریخى آن، به سال ۱۲۲۹ق. برابر با ۱۸۱۴م./ ۱۱۹۳ش. باز میگردد.
در آن سالها، در بندر بوشهر ادارهاى بهعنوان «شعبهی گمرکات جنوب» تأسیسگردید. این اداره، وظیفه داشت ضمن مراقبت از سواحل ایران، از ورود و صدور کالاهاى قاچاق از راههاى دریائى جنوب نیز جلوگیرى نماید و در حقیقت، وظایف امور بندرى و دریائى را نیز شعبهی گمرکات جنوب برعهدهداشت.
در سال ۱۳۰۶ش. تأسیسات وتجهیزات ادارهی بندر انزلی در شمال کشور، از دولت روسیه تحویل گرفته و اداره امور آن به مأموران ایرانى سپرده شد و نیز راه آهن سرتاسری ایران، بندر ترکمن را از کنار دریای خزر، به بندر امام خمینی(ره) در کرانهی خلیج فارس متصل ساخت.
از سال ۱۳۰۷ش. پس از افتتاح راه شوسهی تهران- خرمشهر، بندر خرمشهر در جنوب کشور، اهمیت فراوان پیدا کرد و امر تجارت دریائى آن رونق یافت و به منظور ادارهی امور بنادر کشور ادارهکل بنادر در سال ۱۳۱۴ش. در تهران تأسیس گردید و کلیهی امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در آن زمان، همگام با ایجاد بندر جدید در نوشهر، در جهت توسعه و تکمیل باراندازهاى بندر خرمشهر و همچنین ایجاد تأسیسات بندرى لازم در دیگر بنادر شمال و جنوب کشور نیز، اقدام گردید.
در سال ۱۳۲۸ش.، بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به جای ادارهکل بنادر در وزارت راه تشکیل گردید.
همچنین در تاریخ ۲۲م اردیبهشت سال ۱۳۳۹ش. قانونی راجع به اجازهی تأسیس سازمان بنادر و کشتیرانی به تصویب رسید که شامل یک مادهی واحده و هفت تبصره بود و از تاریخ تصویب این قانون، سازمانی به نام سازمان بنادر و کشتیرانی در وزارت گمرکات و انحصارات تشکیل شد؛ با این مبنا که ادارهی امور آن، تا زمانی که سازمان دیگری به موجب قانون ایجاد نگردیده، تحت نظر وزارت گمرکات و انحصارات انجام گردد.
با پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران و تغییر ساختار اقتصادی و سیاسی کشور در سال ۱۳۵۸ش.، خطوط کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، فعالیت خود را آغاز کرد و به عنوان یکی از شرکتهای وابسته به وزارت بازرگانی، به فعالیت تجاری خود ادامه داد و چندی پیش نیز، از «سازمان بنادر و کشتیرانی» به «سازمان بنادر و دریانوردی» تغییر نام داد.